꿈을꾸는 파랑새

Foldit(폴드잇)이라는것은 단백질 구조 예측을 할 컴퓨터 게임이며 크라우드 소싱에 의한 시민 과학의 하나입니다. 워싱턴 대학의 컴퓨터 공학부 및 생명 과학 학부 (Rosetta@home 의 개발에 참여한 회원 등)의 공동 개발에 의해 제작되어 2008년 5월에 베타 버전으로 공개되었으며 Foldit는 단순히 게임을 즐긴다는 성격뿐 아니라 게임에서 컴퓨터를 잘 해결할 수 없는 문제인 (단백질의 폴딩 구조 분석)을 해결하는 의미를 두는 프로젝트 이자 퍼즐 게임입니다.
게임을 설치할 수가 있는 운영체제는 다음과 같습니다.
Windows, mac OS, Linux
지원하는 언어
영어, 러시아 어, 스페인 어들이 제공을 하고 있으나 아직은 한국어, 일본어는 지원되고 있지는 않습니다.
해당 프로젝트는 과학자들을 10년 동안 고생시킨 M-PMV 레트로 바이러스의 프로테아제의 X 선 결정 구조 해석에서 충분한 단백질 분자 대체 모델을 생성해서 단 3주 만에 해결해서 덕분에 해당 관련해서 과학 잡지 네이처에 5만 7천 명 게이머들이 논문 공동저자로 돼 있습니다.
즉 10년 동안 시간+돈+첨단 기술을 갈아 넣어도 밝혀내지 못했던 단백질 구조를 5만 7천 명이 덤벼서 3주 만에 해결했기 때문입니다. 이렇게 한 이유는 시작은 많은 사람에게 기본적인 단백질 원리를 일반인들에게 쉽게 알려주고 나서 다양한 사람들의 의견을 받아서 풀어보자는 의도로 만들어진 퍼즐입니다. 오프라인으로 게임을 할 수가 있고 인터넷 연결을 통해서 진행할 수가 있습니다.

Foldit(폴드잇)

퍼즐 게임-Foldit(폴드잇)퍼즐 게임-Foldit(폴드잇)

기서 해독하려고 하는 단백질은 에이즈, 암과 같은 난치병에 필요한 단백질 구조 해독입니다. 여기서 참가하는 사람들은 모두 전문가들이 아니고 그냥 간단하게 일반인들도 참여하고 있어서 퍼즐을 즐기면서 단백질 분석을 하는데 도움을 주는 것입니다. 이렇게 다양한 사람들이 퍼즐을 풀면 같은 단백질을 시작으로 해서 단백질 접힘을 다양하게 진행할 수가 있어서 이것을 연구하는 과학자들에게는 아~이런 방법으로도 접히는구나 보여주고 이것을 바탕으로 해당 에이즈, 암, 난치병 백신이나 치료제 개발에 사용되고 있습니다.

즉 사람들에게 동기를 부여하기 위해서 폴드 잇은 퍼즐게임으로써 사람들의 호기심을 자극하고 나서 좋은 단백질 구조를 만들 때마다 점수를 주는 형식이고 해당 부분을 통해서 순위를 올리는 방식으로 전 세계인들과 경쟁하는 방식을 사용하고 있습니다. 즉 앞서 소개한 게임인 전염병 주식회사를 통해서 위생 관련해서 병들이 어떻게 인간을 감염시키고 개인위생 관련 부분을 하고 있다고 하면 폴드잇은 퍼즐을 통해서 여러 가지 병들의 치료제 또는 백신을 개발하는 프로젝트입니다. 해당 게임을 알려면 집단지성이라는 것을 알아야 합니다.

퍼즐 게임-Foldit(폴드잇) 2퍼즐 게임-Foldit(폴드잇) 2

집단지성이라는 것은 집단 지성의 사전적 정의는 사회 일반 집단 구성원들이 서로 협력하거나 경쟁하여 쌓은 지적 능력의 결과로 얻어진 지성 즉 집단적 능력을 의미하며 쉽게 풀이하면, 하나의 문제에 대한 여러 사람의 생각, 그리고 이를 통해 만들어진 결과물을 의미하는 것입니다.
집단지성이 만들어낸 좋은 사례로 위키피디아, 인터넷에 가입할 때 사용을 하는 reCAPTCHA 즉 저는 로봇이 아니에요 하는 것을 이야기합니다. 구글에서 물어보는 저기 신호등, 소화전, 버스, 자동차를 선택해서 해당 부분은 고서적 디지털화, 자율주행 자동차를 인식하거나 자율주행 자동차 같은 경우 저런 것이 자동차, 소화전, 신호등을 인식을 해주는 역할을 하는 것이 바로 집단지성이 발휘에 된 것입니다.

[소프트웨어 팁] - 폴딩앳홈 On client "local" 127.0.0.1:36330: Option 'gpu-index' has no default and is not set 오류 해결 방법

[소프트웨어 소개] - Folding@Home 코로나19(신종코로나 바이러스,COVID-19) 백신 및 치료 개발을 위한 분산 컴퓨팅(distributed computing) 시작

즉 단백질의 구성요소인 아미노산 구조를 보여주고 제시된 단백질을 보고 플레이어들은 20가지 아미노산으로 이루어진 단백질의 구조를 변형하고 위치를 조정하여 안정된 형태의 단백질을 효율적으로 만들수록 높은 점수를 얻는 게임이라고 생각을 하시면 됩니다.

퍼즐 게임-Foldit(폴드잇) 프로젝트퍼즐 게임-Foldit(폴드잇) 프로젝트

단백질은 아미노산들이 긴 사슬처럼 이어져 있는 선형이며 동시에 직선으로 뻗어 있는 형태를 좋아하지 않으며 그래서 아미노산들은 특이한 형태로 비틀어지고 꼬아지며 접히면서 서로 맞붙게 되고 이것을 단백질 접힘이라고 부르게 되며 또 어떠한 형태로 단백질이 접해있는가에 따라서 단백질의 기능이 결정되기 때문에 단백질이 접혀지는 사소한 차이 하나만으로도 전혀 다른 모습을 볼 수 있습니다.
이렇게 여러 문제를 해결하는데 도움을 준 폴드잇에서는 이제 코로나 19 치료제 개발을 위해 노력하고 있으며 플레이어들은 게임에서 제시한 조건에 맞게 단백질을 변형시키면 됩니다.

해당 부분은 2월 말부터 일주일씩 게임을 진행했고 현재 높은 점수를 받은 솔루션 99개를 워싱턴대학 단백질 설계 연구소에서 실험할 예정이며 다양한 플레이어들이 게임을 통해 만든 방법들이 항바이러스 약물에 대한 백신, 치료제의 힌트가 된 것입니다. 이렇게 직접 한번 하고 싶은 분들은 가입하고 나서 여러 가지 메뉴가 나올 것인데 여기서 Science Puzzles를 눌러서 프로젝트를 선택하고 단백질 접힙을 할 수가 있습니다. 물론 나는 이런 것 못하겠다고 하면 저번에 소개해 드린 폴드앳홈에서 프로그램을 설치하고 나서 인터넷을 연결하고 자신이 분석하고 싶은 단백질 카테고리를 입력하면 됩니다. 최근에 코로나 19는 따로 카테고리가 만들어져 있어서 COVID-19를 선택을 해주어야 합니다. 그리고 폴드잇을 하고 싶으면 캠페인부터 먼저 하고 진행을 하고 하는 것이 도움될 것입니다.

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  1. Favicon of https://jongamk.tistory.com 핑구야 날자 2020.08.03 06:41 신고

    게임도 하고 코로나-19에 참여할 수 있다니 괜찮겠네요

    • Favicon of https://wezard4u.tistory.com Sakai 2020.08.03 18:30 신고

      네~초보자 분들은 폴딩앳홈 설치해서 코로나 19 백신 만드는데 참여할수 있습니다.

  2. Favicon of https://damduck01.com 담덕01 2020.08.03 11:50 신고

    아직 해 보지는 않았지만 퍼즐을 영어로 풀어야 한다니 전 힘들 거 같네요. ^^;

    • Favicon of https://wezard4u.tistory.com Sakai 2020.08.03 18:29 신고

      너무 전문지식은 필요 없습니다.하다보면 대충 어떻게 할수 있는지 알수 있습니다.

  3. Favicon of https://blue2310.tistory.com 드자이너김군 2020.08.03 12:30 신고

    오호~ 신기하면서도 재밌는 게임이네요.

  4. Favicon of https://deborah.tistory.com Deborah 2020.08.03 19:03 신고

    이런 것도 있었네요. 코로나 때문에 고생하는 분들 생각하면 힘든데 그래도 이런 상황을 게임으로 미화 시킬수 있어 다행이네요.

    • Favicon of https://wezard4u.tistory.com Sakai 2020.08.04 17:11 신고

      게임은 조금은 어렵기도 합니다.쉽게 코로나 백신 개발에 동참 하고 싶으시면 폴딩앳홈을 사용하는것도 좋은 방법입니다.

  5. Favicon of https://jongamk.tistory.com 핑구야 날자 2020.08.04 06:49 신고

    덕분에 유용한 정보 잘 배워 갑니다 오늘도 비 조심 하시고 즐거운 하루 보내세요

  6. Favicon of https://kangdante.tistory.com kangdante 2020.08.04 07:26 신고

    코로나 백신에 참여하는 퍼즐게임도 있군요
    흥미로워 보입니다.. ^^

  7. Favicon of https://www.neoearly.net 라디오키즈 2020.08.04 09:33 신고

    예전에 그런 식으로 연구에 힘을 보탠 적이 있었어요. 세티앳홈 같은 서비스들~ㅎ